1.初步評估：牙醫師將進行口腔檢查、X光攝影等評估步驟，確定治療計畫的需求和可行性。
2.進行顯微根管治療:
(1)局部麻醉：治療過程中，牙醫師會根據患者的狀況施打適量局部麻醉，幫助患者放鬆降低療程造成的不適感。
(2)打開發炎感染的牙髓腔：開始清除發炎組織之前，將牙齒以橡皮布障隔離，接著移除蛀牙及舊的填補物，將牙髓腔打開。
(3)清除感染組織：醫師會將根管系統擴大，使用藥水清除根管內發炎或壞死的牙髓組織，進一步清除根管系統內可能有的細菌，以減少根管內的感染源及細菌。比較困難的根管治療，有些牙醫師會使用顯微鏡輔助，將錯綜複雜的牙根徹底清除乾淨，增加根管治療的成功率。
(4)根管封填：確認擴大後的根管盡可能已經清潔乾淨且沒有發炎情況後，再使用馬來膠、生物陶瓷糊劑、樹脂等材料封填根管，確保根管系統的密封，以防二次感染。
3.套上牙套保護：完成根管治療後的牙齒通常會建議套上牙冠（牙套）保護，除了恢復原本的外形及咬合功能之外，也可以保護脆弱的牙齒，避免牙齒因為結構缺損、磨損而斷裂等問題。
4.定期回診追蹤：完成所有療程之後還要定期回診，讓牙醫師定期追蹤檢查牙齒的狀況，才能即時處理解決問題。
